Bien que la MFA augmente considérablement la sécurité, aucune méthode n'est totalement infaillible. Des attaques sophistiquées, comme le SIM swapping (échange de carte SIM), peuvent contourner certaines formes de MFA basées sur les SMS. Cependant, l'utilisation de méthodes telles que les clés de sécurité physiques ou la biométrie est beaucoup plus difficile à contourner.